После завершения карьеры бывший игрок Челси и Атлетико начал работать с командой "менго" в U-17. Филипе Луису понадобилось всего пять месяцев, чтобы добыть с подопечными титул. Затем экс-защитник работал с U-20 и тоже сумел выиграть трофей.
В сентябре 2024 года Филипе Луису доверили возглавить первую команду Фламенго. Всего за полгода ему удалось добавить четыре трофея в клубный шкаф. Он завоевал Кубок и Суперкубок Бразилии, стал чемпионом Кубка Гуанабара и выиграл чемпионат Рио-де-Жанейро.
Филипе Луис выиграл шесть титулов с тремя различными категориями команд.