Після завершення кар'єри колишній гравець Челсі та Атлетіко розпочав працювати з командою "менго" в U-17. Філіпе Луїсу знадобилося лише п'ять місяців, щоб здобути з підопічними титул. Потім екс-захисник працював з U-20 і теж зумів виграти трофей.
У вересні 2024 року Філіпе Луїсу довірили очолити першу команду Фламенго. Лише за півроку йому вдалося додати чотири трофеї до клубної шафи. Він завоював Кубок та Суперкубок Бразилії, став чемпіоном Кубка Гуанабара та виграв чемпіонат Ріо-де-Жанейро.
Філіпе Луїс виграв шість титулів з трьома різними категоріями команд.