Ахмедходжич принял решение уйти из своей национальной сборной после ряда скандалов. Анель известен своим непростым характером и часто был "занозой" для наставников сборной Боснии и Герцеговины. По словам действующего наставника команды Сергея Барбареза, Ахмедходжич не связался даже с директором национальной сборной Эмиром Спахичем по поводу своего решения.
В интервью N1 Анель объявил о своем решении, назвав причиной ухода многочисленные оскорбления в социальных сетях. Он заявил, что "у него больше нет причин приезжать и играть", и пожелал своим бывшим товарищам по команде и новому тренерскому составу всего наилучшего.
Ахмедходжич сыграл за сборную Боснии и Герцеговины 24 матча и забил 1 мяч – в ворота Украины в 2021 году.