Ахмедходжіч ухвалив рішення піти зі своєї національної збірної після низки скандалів. Анель відомий своїм непростим характером і часто був "скалкою" для наставників збірної Боснії і Герцеговини. За словами чинного наставника команди Сергія Барбареза, Ахмедходжіч не зв'язався навіть із директором національної збірної Еміром Спахічем стосовно свого рішення.
В інтерв'ю N1 Анель оголосив про своє рішення, назвавши причиною відходу численні образи в соціальних мережах. Він заявив, що "у нього більше немає причин приїжджати і грати", і побажав своїм колишнім товаришам по команді і новому тренерському складу всього найкращого.
Ахмедходжіч зіграв за збірну Боснії і Герцеговини 24 матчі й забив 1 м'яч – у ворота України 2021 року.