Клуб "Шапекоенсе" було засновано у 1973 році у місті Шапеко (штат Санта-Катаріна) в результаті злиття команд "Атлетіко Шапекоенсе" та "Індепендьєнте".
В 1977 році "Шапекоенсе" виграв чемпіонат штату Санта-Катаріна, обігравши у фіналі "Авай" (1:0).
В 1978 році клуб вперше зіграв у чемпіонаті Бразилії. "Зелені" (прізвисько команди, "Вердао", яке вона отримали за клубні кольори) зайняли 51-е місце.
Останній матч "Шапекоенсе" перед трагедією. Матч чемпіонату Бразилії, в якому "Палмейрас" оформив чемпіонство
Клуб з Шапеко 5 разів вигравав чемпіонат штату. Після 1977 року також у 1996, 2007, 2011 та 2016 роках. У 2006 році "Шапекоенсе" взяв Кубок Санта-Катаріни.
Чемпіони штату-2016
Гравці команди і тренер Кайо Жуніор. Керманич і майже всі гравці загинули в авіакатастрофі
В 2016 році "Вердао" досягли найбільшого успіху у історії клубу. "Шапекоенсе" вийшов до фіналу Копа Судамерікана-2016, обігравши у півфіналі аргентинський "Сан-Лоренсо".
29 листопада 2016-го команда летіла на перший фінальний матч Копа Судамерікана. Літак не досяг місця призначення… В авіакатастрофі загинули, за попередніми даними, 76 людей з 81 на борту. Вижили п’ятеро, серед них 3 гравці команди.